Dans la débâcle de juin 1940, l'Ecole de l'Infanterie se replie à Aix en Provence où elle rejoint l'Ecole Spéciale Militaire, venue de Saint-Cyr l'Ecole.

L'occupation de la zone libre en 1942 entraîne la fermeture de toutes les Ecoles d'armes. Le Colonel CALLIES reçoit alors pour mission de créer en Afrique du Nord une école de remplacement.

C'est ainsi que naît l'Ecole des Elèves- aspirants de Cherchell-Mediouna. Cinq promotions s'y succèderont. Chaque élève y reçoit l'instruction liée à son arme d'appartenance en plus d'une formation commune. Devant la réussite de cette nouvelle forme d'instruction et la cohésion qui façonne les premières promotions, le principe d'une seule école interarmes est retenu.

Une décision ministérielle du 13 décembre 1944 donne à l'Ecole de Cherchell le nom d'ECOLE MILITAIRE INTERARMES, dont la première promotion porte le nom de "Rhin Français". L'Ecole aura formé 5064 Officiers, dont 512 donneront leur vie pour la France. Le Général CALLIES dira d'eux qu'ils "peuvent justement se targuer d'avoir, malgré toutes les difficultés de l'heure, été le fer de lance de l'Armée Française pendant les dures campagnes d'Italie, de France et d'Allemagne d'abord, puis d'Indochine."

L'EMIA s'installe en juillet 1945 à Coëtquidan pour devenir "une école unique pour une armée unie" selon la volonté du Maréchal de Lattre de Tassigny. Elle formera dix-sept promotions dont quinze après 1947 sous sa nouvelle appellation d'Ecole Spéciale Militaire InterArmes qui officialisait ainsi l'amalgame effectif depuis 1945.

Elle donnera plus de dix mille officiers dont deux milles tomberont pour la France.